Transkriptomet i pasienter med ny-diagnostisert ulcerøs kolitt

Ruth H. Paulssen | Okt 2020 | Gastroenterologi |

Ruth H. Paulssen
professor, forsker,
Institutt for klinisk medisin,
UiT Norges arktiske universitet

Ulcerøs kolitt er en sykdom av ukjent etiologi. 10-20 % av forekomsten kan forklares med genetikk. Differensielt uttrykk av følsomhetsgener ved inflammatorisk tarmsykdom utløser feilregulering av immunsystemet. Prøver fra pasienter med ny-diagnostisert ulcerøs kolitt fører til nye oppdagelser. På tross av dekader med forskning, er ulcerøs kolitt fremdeles en sykdom av ukjent etiologi. Bare 10-20 % av forekomsten av ulcerøs kolitt kan forklares med genetikk. Andre faktorer som miljø, ernæring og tarmens bakterieflora bidrar i et samspill som fører til den komplekse patogenesen.1,2 Differensielt uttrykk av følsomhetsgener ved inflammatorisk tarmsykdom (IBD) er ansvarlig for å utløse feilregulering av immunsystemet. Denne feilreguleringen har en innflytelse på tarmbarrierens funksjon, noe som videre fører til inflammasjon av tarmslimhinnen.3 Kronisk inflammasjon har vist seg å føre til forhøyet risiko for utvikling av tarmkreft.4 Det er gjort mange forsøk på å beskrive transkriptomet, altså uttrykket av gener ved ulcerøs kolitt, vanligvis ved bruk av hybridiserings-baserte metoder som mikromatriser.5,6 Disse metodene er svært begrensede og detekterer bare pre-definerte og vel-annoterte RNA-species. «Next-Generation Sequencing (NGS)"-teknologi har ikke slike begrensninger og åpner derfor for muligheten til å oppnå en fullstendig og korrekt profil av transkriptomet. I tillegg har bruk av ikke tilstrekkelig stratifisert biopsimaterial fra pasienter med ulcerøs kolitt ført til ulike resultater. Vi har derfor valgt å stratifisere pasientmaterialet og har utført transkriptom-analyser ved hjelp av NGS-teknologi, såkalt RNA-Seq. Metoder RNA-Seq ble utført med et Illumina® NextSeq550-instrument ved bruk av total RNA- isolert fra tarmbiopsier tatt fra sigmoid colon. 14 ny-diagnostiserte pasienter med ulcerøs kolitt (med klinisk skår 7,37 ± SD 2,45 og endoskopisk skår 1,93 ± SD 0,27) og 16 kontroller (pasienter fra tarmkreftscreening-programmet med normal koloskopi, colon-histologi og -immunhistokjemi, og klinisk og endoskopisk skår =0) ble inkludert. Ulcerøs kolitt ble diagnostisert basert på etablerte kliniskendoskopiske og histologiske kriterier og i samsvar med definerte ECCO retningslinjer.7 Pasienter med mild til moderat...